乾道年间(1165～1174年），傅伯成为感念朱氏父子对安海“倡教兴学”的功绩，将“鳌头精舍”辟为“二朱先生祠”，绘制二朱像奉祀。嘉定初，镇官游绛、郡守邹应龙循民之请，创办石井书院，邹公拨公帑40万缗，令漕舶两司捐助，命朱在主持书院的营造工程。书院按州郡学宫的规制，将祠宇、讲堂、藏书阁作为书院的三大基本建筑。书院于嘉定三年(1210年）冬动工兴建，五年(1212年）秋竣工。石井书院创办之后，继承朱子思想，开展各个层面的办学活动。

规范供祀制度：石井书院与全国所有的书院一样，对尊崇的先师都有法定的祭奠活动，所不同的是，石井书院所供祀的主要对象是朱松、朱熹兼及朱在。因此，石井书院的祠宇，俗称“朱祠”，是书院的主体建筑。书院创办伊始，即规定生员于每年农历八月二十七日，仿效郡邑礼仪，举行隆重的“释奠礼”，奏六篇乐章，以表对先师理学思想的尊崇，仿效的榜样。此外，每年还举行春秋二祭，四册里长主持，朔望焚香供茶，书生轮东祀之。